Colecţiile arheologice din această epocă sunt cele mai reprezentative. Prin nivelul de dezvoltare a culturii materiale şi spirituale, în această epocă se evidenţiază diverse comunităţi de agricultori şi păstori nomazi.

Purtătorii culturii Cucuteni-Tripolie au existat circa 1500 de ani (sfârşitul mileniului V-începutul mileniului III a.Chr ) pe un teritoriu vast de la Carpaţi şi până la Nipru.

Pe teritoriul Republicii Moldova sunt cunoscute peste 600 de aşezări de agricultori, din care unele au fost cercetate arheologic – Floreşti, Rogojeni, Ruseştii Noi, Rădulenii Vechi, Petreni, Vărvăreuca, Brînzeni, ş.a. Este epoca când pentru prima dată sunt confecţionate piese din metal (cupru). Predomină uneltele executate din os şi piatră. Colecţia ceramică este remarcabilă prin varietatea de vase decorate în tehnică incizată sau pictate în cele mai diverse stiluri ornamentale. Compoziţiile ornamentele conţin scene cosmologice, simboluri astrale, reprezentări de animale fantastice, zeităţi antropomorfe. Viaţa spirituală a comunităţilor este reprezentată de o impresionantă colecţie de figurine zoo- şi antropomorfe.

Concomitent, în zona de sud a spaţiului pruto-nistrian, a existat cultura Bolgrad-Aldeni reprezentată de o cultura materială impresionantă.

În istoria comunităţilor eneolitice un rol important l-au avut şi triburile de păstori din stepele nord-pontice, reprezentate aici prin monumente arheologice de tip Suvorovo-Novodanilovca şi Cernavoda. Etapele de tranziţie de la eneolitic la epoca bronzului în spaţiul pruto-nistrean sunt reprezentate de culturi arheologice ca – Brînzeni, Gordineşti, Usatovo -  care au îmbinat armonios elemente ale civilizaţiei cucuteniene şi aspecte caracteristice culturilor de păstori nord-pontici, identificaţi cu indoeuropenii arhaici.