În 2002 a fost aprobată Legea muzeelor (nr. 1596 din 27.12.2002), care pe parcursul anilor a suportat modificări neînsemnate. Conform Legii în cauză în Republica Moldova "muzeele sunt instituții necomerciale cu statut de persoană juridică care se înregistrează în modul stabilit de lege".

Înființarea muzeelor se face cu Avizul prealabil al Ministerului Culturii și Turismului. Conform legii în republică, în dependență de patrimoniu și valoarea există mai multe categorii de muzee: naționale, departamentale, universitare, județene, orășenești, comunale, sătești, obștești, private ș.a. la Ministerul Culturii și Turismului există Registrul muzeelor în care sunt luate la evidență toate muzeele republicii, indiferent de categorie și profil.

Muzeele naționale sunt organizate prin hotărâre de guvern, iar toate celelalte prin decizii ale organelor în a căror subordine se vor afla, cu avizul prealabil al ministerului Culturii și Turismului. Ministerul Culturii și turismului, conform legii, asigură îndeplinirea angajamentelor asumate de Republica Moldova prin convențiile internaționale referitoare la funcționarea și protecția muzeelor. Legea muzeelor stipulează că finanțarea muzeelor aflate în proprietatea publică a statului se asigură din surse bugetare și extrabugetare, conform legislației în vigoare.

Legea muzeelor stabilește categoriile de piese care constituie patrimoniul muzeal și că el, patrimoniul muzeal este inalienabil. Bunurile culturale din patrimoniul muzeal al republicii se înscriu în Registrul de stat al patrimoniului cultural mobil, care se află la Ministerul Culturii și Turismului. Exportul provizoriu al patrimoniului muzeal, în scopul organizării expozițiilor în afara țării se permite doar în baza deciziei Ministerului Culturii și Turismului, în conformitate cu legislația în vigoare.

În 2011 a fost aprobată Legea privind protejarea patrimoniului cultural național mobil (nr. 280 din 27.12.2011). Având în vedere dezvoltarea muzeologiei contemporane, aprobarea de către Parlamentul Republicii a Legii privind protejarea patrimoniului cultural național mobil, Ministerul Culturii al Republicii Moldova în 2013 a inițiat un program de modificare a unor acte normative, inclusiv a Legii muzeelor. Astfel, la solicitarea Ministerului Culturii, Muzeul Național de Istorie a Moldovei a propus o serie de modificări pentru Legea muzeelor.